Na New Yorku srušila stvarna prijetnja u obliku snažnog Shredder. On će pokušati uzeti grad u nekoliko minuta, ali morate ga zaustaviti, zajedno s mutiranim ninja kornjača. Ovi hrabri momci su spremni za sve poteškoće spasiti svoj rodni grad iz ludila. Svaki od likova će imati vlastitu misiju i svrhu, netko mora pripremiti napitak uništiti mutirani nekoga pucati dolje raketne bacače, a netko poraziti neprijatelja u bliskoj borbi. Svi kornjače će biti samo tri pokušaja, ako izgubite, grad će pasti.