Batman ima dovoljno neprijatelja, kao i svaki super heroj i sve zlikovce poput branja: Joker, Bane, Clay, Two-face, Penguin, Scarecrow i to nije cijeli popis. Neki zamjenjuju druge, vraćaju se i nestaju. Heroj ne mora biti dosadno, au igri Batman Shadow Combat ponovno počinje tragati od loših momaka i obavljati važne poslove kako bi spasio Gotem. Slučaj će se odvijati u podzemnim katakomama grada, gdje su komunikacije koncentrirane. Ovdje žele sakriti zlikovce i junak mora biti stalno na čuvanju. Za skrivanje od neprijatelja i napad neočekivano, koristite novu vještinu Batman - sposobnost da postanete sjena.