U blizini malog sela smještenog u Japanu pojavili su se živi mrtvaci. Noću lutaju po naselju i hvataju ljude. Hrabri ninja ratnik Kyoto dobio je naredbu od cara da uništi zombije. Vi u igri Ninja Versus Zombie pomoći ćete ninji u tome. Prije vas na ekranu će biti područje u kojem će se vaš lik nalaziti. Koristeći kontrolne tipke upravljat ćete akcijama ninje. Morat će trčati naprijed preko terena i pažljivo pogledati oko sebe. Usput će moći skupljati zlatnike i druge predmete razbacane po cijeloj lokaciji. Čim sretnete zombija, napadnite ga. Koristeći različita oružja iz ninja arsenala, uništit ćete zombije u igri Ninja Versus Zombie i za to dobiti bodove.