Društvo smiješnih pingvina odlučilo je organizirati natjecanje u trčanju kako bi utvrdili koji je od njih najspretniji i najbrži. Vi u igrici Penguin Run 3D moći ćete sudjelovati u ovom natjecanju. Prije vas na ekranu će biti vidljiva cesta koja ide u daljinu. Vaš lik i drugi pingvini će stajati na startnoj liniji. Na znak sunca, potrčat će naprijed postupno ubrzavajući. Pažljivo gledajte u ekran. Vješto upravljajući svojim pingvinom, morat ćete se pobrinuti da on trči oko raznih prepreka, i što je najvažnije, prestiže svoje suparnike. U tome mu mogu pomoći razni predmeti razbacani po cesti. Skupljajući ih, vaš lik može dobiti razne vrste dodatnih pojačanja.