Na jednom od planeta, čija je površina prekrivena vodom, pronašli su vanzemaljsku vojnu bazu smještenu na dnu oceana. Vaš će lik u igri Aquanaut morati prodrijeti u njega i, nakon što je postavio eksploziv, detonirati ga. Ispred vas na ekranu ćete vidjeti svog lika koji će se nalaziti u jednoj od prostorija baze s oružjem u rukama. Uz pomoć kontrolnih tipki natjerat ćete ga da krene naprijed. Pažljivo pogledajte oko sebe. U svakom trenutku možete vidjeti svog protivnika. Brzo reagirajući, morat ćete uhvatiti neprijatelja na vidiku i otvoriti vatru da ga ubijete. Preciznim pucanjem uništit ćete svoje neprijatelje i za to dobiti bodove. Nakon smrti, iz neprijatelja mogu ispasti trofeji koje ćete morati pokupiti.