Nakon niza katastrofa koje je uzrokovao čovjek, ekologija planeta se jako pogoršala, a ljudima je postalo teško živjeti. Pojavili su se mutanti koji su se brzo prilagodili novim uvjetima. Njihova bi krv mogla postati temelj za stvaranje cjepiva koje će pomoći običnim ljudima da postanu jači i zdraviji. Junak igrice Mutant Blood svjetski je poznati znanstvenik koji je ujedinio sve pametnjakoviće na planetu kako bi stvorio cjepivo. Započeli su radovi u svim tajnim laboratorijima, ali pojavili su se oni koji žele ometati proces u Mutantbloodu - to su ekstremisti.
