Hrabar ninja Kyoto mora ući u zaštićeni dvorac i ukrasti odatle jedan artefakt, koji je u jednom trenutku ukrao njihov hram svog reda. Vi u igri Jump Ninja Hero pridružit će se njegovim avanturama. Da bismo došli do dvorca, naš junak mora proći kroz određeno područje, koje čuvaju neprijateljski vojnici. Naš junak će stalno izbaciti iz lukova, križeva i drugih oružja. Vodite naš junak da će morati izbjegavati sve leteće objekte u njemu. Samo tako da može preživjeti i doći do krajnje točke njegova putovanja.
