Tim kornjača ninja ima vrlo ozbiljan neprijatelj. Njegovo je ime Savanti Romero. Ovaj zlikovac je izgradio vremenski stroj i sada prikuplja čudovišta iz svih svjetova: prošlosti i budućnosti, kako bi ih ujedinila u veliku zločinu vojsku. Heroji moraju ometati planove neprijatelja. Da bi to učinili, morat će posjetiti sva mjesta na kojima Romero planira otići i neutralizirati sve one koji se pokušavaju okrenuti prema njegovoj strani. Mike, Raphael, Leo i Donald spremni su za opasna putovanja. Morate odabrati prvi par kandidata, oni će biti preneseni u drevni Egipat. Tu će se susresti sa zlim mumijama. Drakula i zombiji čekaju ih u drugim ne manje opasnim mjestima igre Teenage Mutant Ninja Turtles Monsters Vs Mutants