U drevnom Japanu postojao je konstantan rat između dva kastva ratnika - samuraja i ninja. Vi u igri Ninja Runner će se boriti na strani Reda nindža. Vaš lik je primio nalog od voditelja naloga da provede izviđanje u jednoj šumi, gdje se mogu sakriti samurajske odvojnice. Vaš je junak hrabro udario u šumu i potrčao stazom. Mnoge ga opasnosti i zamke očekuju na putu. Vi kontrolirate svoj lik morat ćete ga skakati i ne pasti u tim zamkama. Ako naiđete na neprijateljske vojnike, morat ćete ih sve uništiti uz pomoć mača. Samo skupljajte razne predmete koji padaju na njegov put.
