U igri Jump Box Ninja, mi ćemo ući u svijet gdje ljudi u kutiji žive. Čak i na ovom svijetu postoji kasta ninja ratnika, upoznat ćemo se s jednim od njih. Ovaj ratnik će danas proći kroz smrtonosnu prepreku da postane vještina borilačkih vještina. Vidjet ćete svog heroja na ekranu. S različitih strana će skočiti oštre koplja, koje će, kada ga pogoditi, jednostavno ubiti. Morat ćete spretno pogoditi trenutak i dobiti lik za skok. Tako će letjeti iznad opasnog teritorija i nastavit ćeš dalje.
