Mala skupina nepravedno osuđenih zatvorenika odlučila je organizirati bijeg iz zatvora. U igri Prison Break 3D pomoći ćete im da se oslobode. Ispred sebe na ekranu vidjet ćete svoju grupu kako stoji u hodniku zatvora. Uspjeli su otvoriti bravu i izaći iz ćelije. Sada ćete ih morati voditi određenom rutom. Njihovim postupcima možete upravljati pomoću kontrolnih tipki ili miša. U zatvorskim su prostorijama instalirane ćelije, kao i čuvari. Morate ovo uzeti u obzir. Vaša ruta mora biti izvan područja nadzora kamera. Također, ne bi vas trebali čuvati stražari. Ako se to dogodi, u zatvoru će se oglasiti alarm i vaši će zatvorenici biti uhvaćeni.