Duboko u džungli živi gorila po imenu Donkey koja uvijek pomaže svojim prijateljima. Jednom je naš lik odlučio otići u posjet svojim dalekim rođacima koji žive s druge strane džungle. Vi u igrici Super Donkey Kong 99 morat ćete pomoći heroju u ovoj avanturi. Vaš lik će biti vidljiv na ekranu ispred vas, koji će se pod vašim vodstvom kretati naprijed stazom, postupno ubrzavajući. Na putu će vaš lik morati skupljati banane i zlatnike razbacane posvuda. Također će morati prevladati razne zamke i prepreke koje će mu se naći na putu.
