Mario nije oduševljen Noći vještica jer se obično u to vrijeme aktiviraju svi zli duhovi u prostranstvima Kraljevstva gljiva i Bowser pušta sve svoje sluge da prave nered. U Super Mario Flash Halloween verziji, pomoći ćete Mariju da pronađe sve zlikovce i dokrajči ih skačući s visine. Svi herojevi prijatelji, pa čak i Luigijev brat skrivaju se kod kuće i ne vire nos, samo se hrabri vodoinstalater nikoga ne boji. I postoji razlog za to - ti si, agilni igrač, taj koji ćeš kontrolirati heroja i ne dopustiti mu da pogriješi u Super Mario Flash Halloween Version.
