Nitko ne osporava postignuća Teenage Mutant Ninja Turtles i Power Rangersa, međutim, oni se međusobno ne mogu složiti i svaka grupa tvrdi da je superiornija. Kako bi saznali tko je najbolji, heroji su odlučili organizirati međusobne borbe, a one će započeti čim uđete u igru Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Vi birate borce koji će prvi ući u arenu. Nakon niza bitaka trebao bi ostati samo jedan pobjednik. Nitko vas ne obvezuje navijati za nekoga, sami birate heroja i promovirat ćete ga, pomažući u porazu svih suparnika u Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.