Igra Alien Quarantine odvija se na području tajnog laboratorija u kojem se provode eksperimenti na zarobljenim izvanzemaljskim stvorenjima. Jedan od vanzemaljaca uspio se osloboditi, oslobodio je ostale i u laboratoriju je nastao pravi kaos. Junak igre Alien Quarantine poslan je u izviđanje, ali se suočava s opasnim neprijateljem. Mora obnoviti sigurnosni sustav kako bi spriječio čudovišta da provale u druge sektore. Da biste to učinili, morate aktivirati nekoliko uređaja, pomicanje i pucanje, izbjegavanje napada vanzemaljaca.
