Kaos i uništavanje stvaraju se u igri Pixel Zombies i sunce je prekrilo teren. Sljedeća apokalipsa ponovno je prekrila planet i tamne sile zla dolazile su na površinu. Zombiji sada dominiraju cijelim planetom, sustavno uništavajući cijelo čovječanstvo. Netko mora ustati za zaštitu cijelog čovječanstva i ta osoba bi trebala biti ti! Umjesto toga, poduzmite potrebne mjere za evakuaciju preostalih ljudi, sve dok im krv nije prebačena od strane krvožednih zombija. Da biste došli do terena, morate izbrisati cestu od toothy stvorenja. Svakom pojedincu tako uspješno odaberite da se nećete moći približiti, inače ćete i umrijeti od njihovih trulih zuba.