Medvjed Banjo, zajedno sa svojom sestrom, živi u dubinama šume. Kao što se jedan dan naš karakter probudio i utvrdio da mu je mlađa sestra nestala. Sada u igri Banjo-Kazooie, pomoći ćemo mu da je pronađe. Za pomoć, naš lik se okrenuo čarobnoj ptici Kazue. Nakon čarobnog rituala, ona je uhvatila stazu i letjela po njemu. Sada trčite, heroj će morati trčati za njom, a da ne padne iza sebe. Budite oprezni na način na koji ćete imati zamke i vozite, heroj će ih morati prisiliti da preskoče preko njih. Ponekad se susrećete s različitim agresivnim čudovištima i morat ćete ih uništiti.
