U drevnom Japanu postojao je Red Ninja Warriors koji su se borili protiv različitih neprijatelja države i čudovišta. Danas smo u igri Ninja Defender pomoći ćemo jednom ratu ući u hram i ispuniti zadatak glave njegova reda. Naš junak koji putuje kroz hram prodrijeti će u svoje dvorane. Bit će napadnut od strane različitih čudovišta. Naš lik će upotrijebiti oružje baš kao i bumerang. Udarajući ga u neprijatelja, pogodit ćemo ga, a onda će se objekt vratiti. Morat ćemo premjestiti znak tako da ga je odbacio i time ponovno bacio bacanje. Ako nemamo vremena za to, izgubit ćemo oružje i izgubiti krug.
