U drevnom Japanu postojali su posebni hramovi u kojima su pripremali takve ratove kao ninja. Vi u igri Ninja Runs 3d idite na jednu od njih i pomažete jednom nindži da prođe kroz razne vrste treninga. Danas će vaš heroj morati trčati posebno izgrađenom stazom prepreka zajedno s ostalim nindžama i prvi doći do cilja. Vi ćete upravljati njegovim postupcima. Morate preskočiti mnoge prepreke, prijeći razne prepreke i izvesti još mnogo radnji koje će pomoći vašem nindži da pobijedi u natjecanju.
