Pustolovine Toma i Jerryja svode se na činjenicu da jedan od junaka griješi drugog, a zatim mačka trči za mišom radi bilo kakvog ishoda. U igri Tom i Jerry Run, pomoći ćete mišu. Najčešće je žrtva nepravde i mora bježati. Ovaj će put morati trčati dugo i daleko, ali to je na vama. Vodite heroja tako da izbjegava prepreke ili skače po njima. Skupite kovanice i komadiće sira. Novac možete potrošiti u trgovini kupujući ono što ima na zalihama. Opći zadatak je da se miš pokrene što dalje.
