Nije se uzalud naš ninja iscrpljivao trenirajući u planinskom samostanu dugi niz godina. Zahvaljujući njima, postao je najbolji u svom poslu, super brz i super okretan. A sada sudbina svijeta u kojem želi živjeti ovisi o njegovim vještinama i sposobnostima. Postoji opasnost od eksplozije u nuklearnoj elektrani. Smješteno je daleko od naseljenih mjesta, ali ako se dogodi eksplozija, bit će takve snage da se nikome neće činiti. A od junakovog rodnog sela nije ostalo ni pregršt pepela. Do stanice morate doći za nekoliko minuta i isključiti reaktor. To se još uvijek može učiniti, ali osim ninje, nitko nema tu brzinu. Ali morat će trčati, zaobilazeći mnoge prepreke i ovdje ne možete bez pomoći da završi razine prije nego što istekne vrijeme u igri Nuclear Ninja.