Veseli i hrabri vodoinstalater Super Mario danas je odlučio pomoći kralju i spasiti princezu koju je oteo mračni mađioničar. Morate mu pomoći u ovome u Super Mario Advanceu. Vaš će lik biti vidljiv na ekranu ispred vas, koji će se nalaziti na određenom mjestu. Pomoću kontrolnih tipki natjerat ćete ga da trči naprijed i skuplja razne predmete i zlatnike razbacane posvuda. Na putu ćete naići na rupe u zemlji i razne vrste zamki, koje će Mario, pod vašim vodstvom, morati preskočiti. Naići ćete i na razna čudovišta. Vaš junak može ih ubiti ako im skoči na glavu. Za ubojstvo svakog čudovišta dobit ćete bodove.