Jedna od ninja kornjača odlučila je sudjelovati u utrci s čudovištima. Ovo je riskantan posao, jer čudovišta mogu usput pojesti protivnika. Ali očito naš junak želi uzbuđenja, a vi ćete mu pomoći da preživi, pa čak i pobijedi u ovoj egzotičnoj utrci zvanoj Ninja Runner Fighter. Čim se oglasi signal, morate pojuriti naprijed, popeti se na okomite zidove, preskočiti prepreke. Ninja se može vješto uhvatiti za bilo koje čudovište koje trči ispred i tako uštedjeti snagu, a zatim pojuriti prije cilja i prestići sve. Koristite drugu strategiju za pobjedu u Ninja Runner Fighteru.