U Matrixu je nastalo nekoliko prototipova, a jedan od njih, broj 09435, pokazao se najuspješnijim. Ovo je digitalni dječak koji se počeo nevjerojatno brzo razvijati i ubrzo je poželio istraživati vanjski svijet. Pronašao je način da napusti matrix i nastavio put do Prototype Guya. Kreatori su odlučili ne ometati tipa, traže od vas da mu pomognete da se prilagodi, prevladavajući prepreke. Potrebno je preskočiti oštre šiljke i četvrtaste robote. Usput, roboti se mogu uništiti ako skočite izravno na njih. Ako se prepreka ne savlada, heroj će krenuti iznova u Prototype Guy.
