U drugom dijelu igre Ninja Hands 2 nastavit ćete pomagati svom ninja ratu u borbi protiv raznih protivnika koji ga žele ubiti. Na ekranu ispred vas bit će vidljiv vaš borac koji će se nalaziti na određenoj lokaciji. Neprijatelj će biti na udaljenosti od njega. U donjem desnom kutu bit će posebna ploča s ikonama. Klikom na njih možete prisiliti heroja da izvrši određene radnje. Morat ćete napasti svog protivnika i upotrijebiti svoje borbene vještine da uništite neprijatelja. Za to ćete dobiti bodove u igri Ninja Hands 2.
