Ninja se upravo vratio s izleta i odlučio posjetiti svoj rodni samostan, gdje je studirao i svog omiljenog učitelja, koji mu je dao ogromnu količinu znanja i naučio ga kako kontrolirati svoje tijelo i duh. Zatekao je redovnike u malodušju i velikoj frustraciji. Dan ranije, crveni samuraj napao je samostan i ukrao zbirku drevnog kamenja s runama. Riječ je o svetom kamenju koje se stoljećima čuva u samostanu. Naš junak se zakleo da će vratiti sve ukradeno i odmah krenuo na put. Pomozite heroju u Ninja Run ispuniti njegovu svetu misiju. Ninja će trčati, a vi ćete mu pomoći da na vrijeme preskače prepreke i preko neprijatelja, skupljajući kamenje.
