Znanstvenici su u dalekoj budućnosti razvili poseban minijaturni brod s kojim je bilo moguće uništiti razne vrste virusa. Vi u igri Virus Hunter kontrolirat ćete ga. Prije nego što na ekranu vidite ljudsko tijelo unutar kojeg će se nalaziti ova jedinica. Letjet će naprijed postupno dobivajući na brzini. Na njegovom putu će se pojaviti razne bakterije. Morat ćete precizno pucati iz posebnih alata kako biste upali u te bakterije i na taj način ih uništili.