Dječak po imenu Jack poznati je huligan u gradu koji neprestano slika zidove gradskih zgrada. Jednom je ušao u stanicu i tamo počeo crtati drugu sliku. Zbog toga ga je uhvatio policajac i sada će naš momak morati pobjeći od njega. U Rail Runneru pomoći ćete Jacku u ovoj avanturi. Ispred sebe na ekranu vidjet ćete svog lika koji će trčati željezničkom prugom postupno dobivajući na brzini. Na tom će se putu pojaviti razne prepreke. Kad se vaš junak približi jednoj od prepreka, morat ćete upotrijebiti određene kontrolne tipke. Tada će vaš junak skočiti i preletjeti ovu prepreku. Ako nemate vremena za reakciju, on će se u bijegu zaletjeti u nju i ozlijediti se.