Izbio je rat u morskom kraljevstvu između dvojice pretendenata na prijestolje. Tijekom neprijateljstava obje strane koriste se posebno obučenim odredima borbenih riba. U igri BattleFish pridružit ćete se jednoj od stranaka i zapovijedati jednom od skupina riba. Na zaslonu ispred vas bit će vidljivo određeno mjesto smješteno pod vodom. S jedne strane bit će vaša borbena riba, a s druge strane neprijatelj. Na dnu će biti posebna upravljačka ploča s ikonama. Uz njihovu pomoć usmjeravat ćete akcije svog odreda. Morat ćete pažljivo ispitati neprijateljsku ribu i odabrati metu koja će je napadati. Vaše će ribe zajednički udariti i uništiti neprijatelja. Za ovo ćete dobiti bodove.
