Ninja kraljevstvo ponovno je nemirno - drevno zlo se probudilo u tamnicama i njegov utjecaj se proširio na stanovnike kraljevstva. Usjevi se suše, ljudi i životinje obolijevaju, a to smanjuje riznicu. U igri Kingdom of Ninja 2, kralj ninja ponovno će otići u podzemne hramove kako bi ih riješio zlih stvorenja. Osim toga, svako pojavljivanje nezemaljskih bića također je popraćeno kretanjem škrinja sa zlatom u labirinte. Ovo je čudan fenomen, ali primijećeno je da se čudovišta rastvaraju nakon što sva blaga nestanu. Ovo je vrlo sretna slučajnost, jer će na taj način kralj moći napuniti riznicu i podržati stanovnike svoje države. S njim ćete otići u podzemlje i pomoći mu da prođe sve testove. Čeka ga puno zamki koje će se pojaviti iz polja i stropa. Neki će se kretati hodnicima i morat ćete spretno manevrirati kako biste izbjegli sudar s njima. Nakon što ste sreli čudovišta, nemojte ih pokušavati upustiti u bitku, budući da je vaš heroj nenaoružan, bolje je da se neprimjetno provučete pokraj njih ili jednostavno preskočite i nastavite svoj put u igri Kingdom of Ninja 2. Sakupite svaki novčić i tada će tamnica ponovno biti sigurna.
