U drugom dijelu Ninja Dogs 2 nastavit ćete pomagati odredu ninja pasa u borbi protiv čuvara iz kraljevstva mačaka. Danas morate napasti njihove dvorce, zarobiti ih ili uništiti. Pred sobom ćete na ekranu vidjeti određeno područje u kojem će se zgrade nalaziti. Unutar zgrada vidjet ćete vojničke mačke. Na određenoj udaljenosti od zgrada bit će postavljen top. Uz njegovu pomoć, ustrijelit ćete svoje ratne pse, a oni će, nakon što su preletjeli određenu udaljenost, udariti u zid zgrade i uništiti njezine napadačke mačke. Da biste to učinili, morat ćete izračunati putanje svojih snimaka. Nakon što uništite sve mačke, dobit ćete bodove i prijeći na sljedeću razinu igre.
