Čini se da kraljevstvo gljiva nije toliko veliko, pa ipak, u njemu se nakupilo toliko smeća da više ne stane na posebno određeno odlagalište. Kralj je odlučio baciti sve u more, ali Mario se tome potpuno protivi. U Super Mario Transporteru namjerava osobno ukloniti sav otpad dalje od svog rodnog mjesta, tamo gdje će biti uništen ili recikliran. Za to je junak pripremio nekoliko vrsta teretnih tankera i drugih brodova. Ali netko mora pomoći heroju da otvori odvodne ventile. Otpad se ne može zbuniti, različitih su boja i mora odgovarati boji spremnika. Gdje ćete ih uliti. Otvorite zaklopke i ne miješajte tekućine u Super Mario Transporteru.
