Mario, svima nama omiljen vodoinstalater, zainteresirao se za ulični sport kao što je parkour. Naš heroj odlučio je trenirati ovaj sport na krovovima gradskih zgrada. Vi u Super Mario City Runu pridružit ćete mu se u ovom treningu. Ispred vas na ekranu ćete vidjeti Maria kako stoji na krovu kuće. Pod vašim će vodstvom trčati naprijed postupno povećavajući brzinu. Pažljivo pogledajte ekran. Na putu vašeg heroja bit će neuspjeha koji razdvajaju krovove zgrada. Kada dotrči do jednog od njih na određenoj udaljenosti, morat ćete ga natjerati da skoči. Tako će vaš junak preskočiti ovu opasnost. Također, pred Mariom će se pojaviti prepreke. Na nekima od njih će se moći penjati u bijegu, ispod drugih, naprotiv, trebat će voziti na leđima ispod dna. Na putu Mario mora pokupiti razne predmete koji će vam donijeti bodove i mogu dati junaku razne vrste bonusa.
