Hrabri ninja iz Kyota, prema uputama poglavara svog reda, mora otići u Mračne zemlje i tamo pronaći drevne artefakte. Vi u igrici Ninja vs Zombies pridružit ćete mu se u ovoj avanturi. Vaš heroj morat će proći kroz mnoga mjesta i svladati razne opasnosti. Horde zombija lutaju mjestima s kojima će se vaš heroj morati boriti. Ulazeći u bitku s njima, junak će koristiti različita oružja. Uništavajući žive mrtvace zaradit ćete bodove, a možete skupljati i trofeje koji će ispasti iz njih. S dobivenim bodovima možete kupiti razna oružja i streljivo za svog lika u trgovini igricama.
