Ninja je odlučio protegnuti noge i trčati po gradu skupljajući novčiće. U igri Ninja Runner upoznat ćete heroja i pomoći mu da uredi gradski parkour. Za heroja nema nepremostivih visina, možete kliknuti na tipa nekoliko puta i on će skočiti na bilo koji vrh: platformu, toranj i još jedan vrh. Nakon što prođete razinu, možete prijeći na drugu, ali budite oprezni, na novim razinama bit će dodatne prepreke u obliku oštrih šiljaka na koje ne morate skočiti kako ne biste izgubili životna srca. Sve je više oštrih prepreka, što znači da ćete morati biti vrlo brzi i okretni kako biste spasili ninju od gubitka života u Ninja Runneru.
