U Ben 10: Brains vs Bugs morat ćete pomoći smiješnom zelenom izvanzemaljcu da oslobodi svoje otete prijatelje. Ispred vas će na ekranu biti vidljiv vaš lik koji će se nalaziti na određenom mjestu. Pomoću kontrolnih tipki vodit ćete njegove radnje. Vaš heroj će morati hodati određenom rutom, svladavajući razne zamke i druge opasnosti. Na putu će skupljati zlatnike i druge korisne predmete koji će vam donijeti bodove u igri Ben 10: Brains vs Bugs i mogu liku dati razne vrste bonusa. Također, vaš lik će se morati boriti protiv buba koje će mu se naći na putu.
