Apokalipsa se može dogoditi iz raznih razloga, u igri Apocalypse Run pomoći ćete heroju koji je bio u središtu apokalipse koja se pojavila kao rezultat ustanka strojeva. Umjetna inteligencija, čija se pojava toliko iščekivala i toliko joj se divili zbog svog brzog razvoja, odlučila je da joj sada ne trebaju ljudi. Štoviše, čak su i štetni, jer sve rade krivo, često se ponašaju neracionalno, uništavaju okoliš i ubijaju sebi slične. U umu stroja formirano je snažno uvjerenje da je čovjek glavno zlo na planetu i da ga se mora uništiti. Tako je počelo sustavno uništavanje čovječanstva, a junak Apocalypse Run to želi izbjeći i vi ćete mu pomoći u borbi protiv robota.
