Najrazličitije svemire, jedan za drugim, zarobljavaju čudovišta Skibidi toaleti. Mario pomno prati vijesti i shvaća da će oni prije ili kasnije stići u Kraljevstvo gljiva. Odlučio je to spriječiti i otišao je u zarobljene svjetove kako bi tamo uništio zlikovce. Odlučio se za to s razlogom, naš junak je dugo služio u obavještajnoj službi, iako malo ljudi zna za to, i ima sve potrebne vještine. Junak će se naći na teritoriju koji su zauzela čudovišta Skibidi. Vodoinstalater sa špijunskim vještinama mora izvidjeti područje i pokušati sve učiniti što je moguće tišim. Međutim, potpuna tišina se ne može postići. Kontrolirajte njegovo kretanje strelicama. Na putu će biti prepreka koje morate preskočiti. Sudari su neizbježni i na njih se vrijedi unaprijed pripremiti kako biste napali s najprikladnije pozicije. Vaš neće moći koristiti oružje, jer će glasni pucnji privući nepotrebnu pozornost na njegovu osobu. Upustite se u borbu prsa o prsa s neprijateljem, udarite tipkom Z i krenite naprijed u Super Spy Mario VS Skibidi Toilet. Svaka završena razina bit će nagrađena i moći ćete ojačati Marija.
