Vojska zahoda Skibidi provalila je u grad i sada se nitko od stanovnika ne može osjećati sigurnim. Izuzetno su okrutni i agresivni, ali čovječanstvo ima poprilično takvih neprijatelja. Mnogo je strašnija činjenica da su u stanju pretvoriti ljude u svoju vrstu i stalno povećavati njihov broj. Kako bi to spriječili u igri Skibidi Toilets: Infection, gradske su vlasti odlučile ne pustiti nikoga od ljudi na ulice, čak ni vojnike, jer su u opasnosti. Umjesto njih pozvani su Snimatelji koji imaju imunitet na djelovanje čudovišta i bogato iskustvo u borbi s njima. Vi ćete kontrolirati jednog od ovih specijalnih agenata. Uzmite oružje i počnite češljati ulice grada. Pazite na situaciju oko sebe jer se Skibidi toaleti mogu pojaviti iz bilo kojeg smjera i morate biti spremni. Čim pronađete neprijatelja, uhvatite ga u nišan i počnite pucati. Za svako uništeno čudovište bit ćete nagrađeni bodovima koje možete koristiti za dopunjavanje streljiva i poboljšanje oružja. Svaka razina će imati određeni broj Skibidi toaleta. Morate ih sve eliminirati kako biste prešli na sljedeću fazu u Skibidi Toilets: Infection.
