Sonic ima priliku obračunati se sa svojim starim neprijateljem Knucklesom. Plavi jež dobio je neočekivanu informaciju o lokaciji svog protivnika i namjerava tamo otići. Zajedno sa svojim prijateljem i pomoćnikom Tailsom, junaci će na otok otići avionom. Nakon slijetanja susrest će Knucklesa, no on će brzo nestati. Morate pomoći Sonicu i njegovom prijatelju da potjeraju zlikovca. Postavio je puno zamki na otok tako da ga nitko ne može sustići, ali Sonic se ne može zaustaviti, a vi ćete strogo kontrolirati kretanje heroja, sprječavajući ga da naleti na oštre šiljke. Skupljajte prstenje, oni će uvijek biti korisni heroju u Sonic 3 & Knuckles.
