Ninja svakodnevno posvećuje nekoliko sati treningu, a to je neophodno kako ne bi izgubio formu i lice u kritičnom trenutku. Junak igrice Jungle Runner je vješt i iskusan ratnik, ali obuka ga više ne zadovoljava, dolazi mu prelako, što znači da se ne razvija. Stoga je junak odlučio otići u džunglu i trčati okomito kroz drveće. Junak će juriti prema gore nevjerojatnom brzinom, a vaš zadatak je osigurati da se ne sudari ni sa čim i ni s kim. Ispostavilo se da naš ninja nije sam u džungli, osim toga, pčele mutanti u Jungle Runneru pokušat će ga zaustaviti.