Dok je istraživao drugi slučaj, junak igre Mystery Subway Escape 2, detektiv Michael, pronašao je tajni ulaz u napuštene stanice podzemne željeznice. Malo ljudi zna za njih. Ne govorimo o tehničkim tunelima, već o stanicama koje su nekada bile operativne, ali su se iz ovog ili onog razloga ispostavile da su zatvorene i nepotraživane. Ostalo je nešto opreme, stvari i predmeta koji nisu bačeni jer bi još mogli poslužiti. Tamo će naš junak potražiti dokaze, a zatim i izlaz, budući da je vrata na koja je ušao netko zaključao u Mystery Subway Escape 2. Očito su ga promatrali i odlučili se riješiti pedantnog detektiva.
