Vaš heroj u Ninja Assassin je ubojica ninja i on će obaviti posao uz vašu pomoć. Sastoji se u uništavanju onih koji su trenutno postali njegovi neprijatelji. U stvari, zadatak je očistiti skladišta. Očekuje se da će na njima pljačkati veliki napad. Stražari hodaju po sobama s kutijama, osvjetljavajući svoj put fenjerima. Ako je ninja u zoni osvijetljena fenjerom, straža će ga vidjeti i napasti ga. Trebali biste biti odabrani s tamne strane i odmah napasti. Cijeli proces je tihi tako da drugi stražari nisu oprezni od Ninja Assassin.