Poseban vlak koji vozi od Antarktike do džungle mogao bi prestati postojati, a razlog je dotrajalost željezničkih tračnica. Životinje, u strahu da će izgubiti jedino prijevozno sredstvo koje im omogućuje putovanje, obratile su se Diegu za pomoć u Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue. Dječak je spreman pomoći, uključiti vas u provedbu svog plana. Uključuje popravak ceste, ali prvo morate staviti sve životinje u kočije. Putnici pristaju putovati samo u društvu svoje vrste, pa postoji poseban vagon za pingvine, jelene, medvjede i tako dalje. Kada su sve životinje postavljene, vlak će započeti svoje putovanje, a prije svakog zaustavljanja morate sastaviti cestu poput slagalice okrećući pojedinačne dijelove u igri Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue.
