U dalekoj budućnosti na planetu Mars, zemaljski su kolonisti počeli živjeti i izdvojiti razne minerale. No, kako se pokazalo, nismo sami u svemiru, a planeti su napadnuti od strane stranaca. Vaš lik je bio u slijetanju zone njihovih brodova, a sada u igri Mars Defense 2: Aliens Attack ćemo se boriti protiv njih. Vidjet ćete kako vanzemaljci izlaze iz brodova i odmah vas napadaju. Morat ćete usmjeriti pištolj na njih i pucati za poraz. Tako ćete ih uništiti na daljinu. Ako otpustite objekte iz čudovišta, morat ćete ih prikupiti.