Ludi profesor Thomas još jednom provodi eksperimente u svojoj tajnoj laboratoriji. Neuspjeli pokušaj miješanja različitih kemikalija izazvao je eksploziju, a u zraku su se pojavile kuglice napunjene otrovnim plinovima. Postupno ispunjavaju sobu. Vi u igri Profesor Bubble Shooter morat ćete pomoći znanstveniku da ih se riješi. Za to će naš junak upotrijebiti poseban top koji će ispaliti pojedinačne naboje. Morat ćete pronaći gomilu mjehurića iste boje i kroz njih pustiti naboj potpuno iste boje. Tako ćete ih uništiti i dobiti bodove za to.