U drugom dijelu igre Virus Ninja 2 pomoći ćete hrabrom ninja ratniku u borbi protiv raznih virusa. Pred vama će se na ekranu pojaviti igralište na kojem će se pojaviti razne bakterije. Kretat će se u različitim smjerovima i različitim brzinama. Da biste ih uništili morat ćete koristiti mač. Pažljivo pogledajte zaslon i vozite predmete mišem. Tako ćete udariti bakterije i sjeckati ih u komade. Ponekad se među tim objektima mogu pojaviti bombe. Ne biste ih trebali ljuljati.
