Hrabri nindža Kyoto dobio je zadatak od šefa zapovijedi da prodre u čuvano imanje jednog aristokrata i odatle ukrade tajne dokumente. Vi u igri Endless Ninja pomoći ćete mu da dovrši ovu misiju. Vaš će se lik kretati cestom postepeno dobivajući na brzini. Na putu će naići na razne vrste zamki. Vaš junak koji im se približava morat će napraviti skokove pod vašim vodstvom. Tako će letjeti zrakom kroz ove opasne dijelove ceste. Ponekad ćete naići na razne vrste predmeta i kovanica razbacanih posvuda. Morat ćete ih pokušati prikupiti sve.