Dok je putovao dalekim dosezima naše Galaksije, astronaut po imenu Tom otkrio je naseljeni planet. Naravno da ju je odlučio istražiti. Sletjevši na površinu planeta na svom brodu, naš junak je otišao na njegovu površinu i krenuo u putovanje. Vi u igri Aliens In Charge pomoći ćete mu u ovoj avanturi. Vaš će junak morati slijediti određenu rutu i svladati mnoge prepreke i zamke smještene na cesti. U ovom slučaju morat ćete sakupljati razne predmete razbacane po cesti. Kako se ispostavilo, planetu naseljava agresivna vanzemaljska rasa. Napasti će vas, pokušavajući vas ubiti. Vaš heroj će biti naoružan vatrenim oružjem. Primijetivši neprijatelja, morat ćete mu ciljati iz vida vašeg oružja i praviti pucnje. Ako vam je vid precizan, tada meci koji napadaju neprijatelja uništavaju ga i za to ćete dobiti bodove. Sjetite se da ako nemate vremena reagirati na vrijeme, neprijatelj će vas napasti i vaš lik će umrijeti.