Svi su organizmi na svijetu osjetljivi na razne smrtonosne viruse. U dalekoj budućnosti znanstvenici su razvili mikroskopske robote koji su sposobni biti u tijelu i uništavati štetne bakterije. U igri Gunwyrm upravljat ćete jednim od ovih robota. Ispred sebe na ekranu vidjet ćete igralište na kojem će se robot kretati pod vašom kontrolom. Trebate potražiti razne viruse. Čim ih primijetite, morat ćete otvoriti vatru na njih iz oružja postavljenog na robota. Točnim pucanjem uništit ćete bakterije i za to ćete dobiti određeni broj bodova. Također će ispucati ugruške energije na vas. Pametnim upravljanjem robotom morat ćete izbjeći ove naboje.